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 Fiocruz Genome Comparison

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pas93
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MessageSujet: Fiocruz Genome Comparison   Dim 19 Nov - 14:39

Fiocruz Genome Comparison est un projet de l'Institut Oswaldo Cruz au Brésil. Il consiste à comparer une par une les séquences des protéines. Les résultats seront standardisés grâce un ensemble structuré de vocabulaire appelé Ontologie de gène ( www.geneontology.org/ ) ainsi qu'un index de similitude pour fournir une aide inestimable aux biologistes consultant la base de donnée. Le projet utilisera l'outil de comparaison SSEARCH de W.R. Pearson , une adaption librement utilisable de l'algorithme Smith-Waterman qui trouve de façon mathématique le meilleur alignement local entre les paires de séquences.

A chaque fois que les scientifiques auront séquencés de nouveaux génomes, ils pourront l'ajouter à la base de données pour calculer les similarités avec d'autres protéines, contribuant à l'information de communauté scientifique dans sa globalité.

Pour participer au projet, il suffit de se rendre sur son compte World Community Grid .

A noter que le but du projet est le même que pour Simap, il n'y a que la méthode qui diverge. Simap utilise l'algorithme FASTA, alors que Genome Comparison utilise SSEARCH. Fasta a pour avantage de présenter une grande rapidité mais il est un peu moins sensible que SSEARCH qui permet en principe d'obtenir des résultats plus exhaustifs.


http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/fgc/viewFgcMain.do

Merci à Heyoka pour ces news.

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kruger
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MessageSujet: Re: Fiocruz Genome Comparison   Dim 19 Nov - 19:49

hum... je trouve qu'il commence a y avoir beaucoups de projets portants sur les protéines.. pas de risques de re-calculage (inventation de mots) de choses déja trouvées sur d'autres projets ? ET PUIS il dépend de wcg , une tactique pour relancer les inscriptions ou le calcul en tutilisant une facade ?

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pas93
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MessageSujet: Re: Fiocruz Genome Comparison   Dim 19 Nov - 20:00

Ben sur wcg en même temps il va y avoir le célébrisime projet décrypthon.

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MessageSujet: Re: Fiocruz Genome Comparison   

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