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 SIMAP : qu'est-ce que c'est ?

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Setiknocker
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MessageSujet: SIMAP : qu'est-ce que c'est ?   Jeu 22 Déc - 20:47




Le site de Simap@home:


Qu’est ce que SIMAP ?

SIMAP est une base de données des sequences similaires de protéine. Cette base de donnés contient toute les proteines actuellement publiés et est continuellement mis à jour. Les sequences similaires de proteine sont calculées en utilisant l'algorithme de FASTA qui fournit une vitesse et une sensibilité optimales. SIMAP est à notre connaissance le seul projet qui combine une assurance complète en ce qui concerne toutes les protéines connues et ou il est possible d'accroître la base de donné par mise à jour.

Pour quoi SIMAP est-il employé ?

En raison de la quantité énorme d'ordres de protéine connus dans les bases de données publiques il est apparu clairement que la plupart d'entre elles ne sera pas expérimentalement testée dans un proche avenir. Néanmoins, les protéines qui ont évolué ont souvent les mêmes fonctions (prétendus orthologs). Ainsi il est possible d'impliquer la fonction d'une protéine non caractérisée d'un ortholog avec une fonction connue. Un exemple bien connu qui sont les investigations au sujet des gènes et des protéines de souris. Leurs résultats sont également vrai pour les gènes humains orthologous et des protéines dans beaucoup de cas. Les sequences similaires de protéine fournissent des informations au sujet des relations entre les protéines, et sont nécessaires pour la prévision des orthologs. Il y a de plus en plus de méthodes de bio-informatics qui se fondent sur les sequences similaires de protéine . Notre base de données de sequences similaires de protéine fournit des données pré-calculées de similitude et représente les espace connu de protéine. Ceci ouvre des perspectives complètement nouvelles comparées à la méthode généralement utilisée pour recalculer à plusieurs reprises un tel genre de données.

La matrice de similitude se prolonge si les nouveaux ordres se produisent.



Pourquoi avons-nous besoin de l'informatique pour SIMAP ?




Les coûts informatiques pour calculer les données de similitude dépende comment sont placer les différent nombre d'ordres contenus. Ainsi l'effort informatique pour maintenir la matrice à jour augmente constamment. Nos ressources internes qui exécutent des calculs pour SIMAP depuis des années ne sont pas plus suffisantes pour maintenir tous les nouveaux ordres. C'est pourquoi nous avons mis en application un client SIMAP pour la plateforme de BOINC qui est basée sur l'algorithme de FASTA pour détecter des sequences similaires .



Quels sont les établissements derrière SIMAP ?

SIMAP est un projet commun du centre national de recherches de GSF pour l'environnement et la santé, de Neuherberg et de l'université technique de Munich, centre de la vie et des sciences de l'alimentation Weihenstephan (tous les deux en Allemagne).L'utilisation de SIMAP est complètement libre pour l'éducation et la recherche du public.

Article rédigé par les membres de la team Est et de l'equipe de la Science

à suivre Wink

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